发布时间 : 2023/2/23 17:49:50 星期四 文章AutoDock_4.2_官方使用教程中文版(Bioms小组翻译)AutoDock4.2更新完毕开始阅读

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他选项的窗口：

ShowInfo 打开一个显示预测相互作用能，RMSD 等的信息面板。

BuildHbonds 和 ColorbyATOM/vdW/elect/total 能可视化氢键以及相互作用能。 PlayMode 和 PlayParameters 修改播放器的参数。

BuildCurrent 在当前指定的播放器中，BuildCurrent 将会在观察器中对构象建立一组新的坐标。这对于将多种构 象显示在同一个观察器是有用的。BuildAll 将会在播放器中对所有的构象建立坐标。 WriteCurrent 将会对当前播放器中的构象以 PDBQT 文件输出。 【【微信】】 将会对播放器中的所有构象以独立的 PDBQT 文件输出。

【【微信】】 将会对当前播放器中配体和受体复合物构象以 PDBQT 文件输出。

【【微信】】>Load: 启动一个交互式的浏览器，允许选择集群的对接构象。预测的相互作用能的信息显示在顶 部，以及单个构象可以在底部的面板中选择。Drank‖ 值可以给出 cluster_rank（聚类排序）――例如，D1_3‖指的 是在最优聚类中的第三个最有利构象。底部的按钮可以通过扩大窗口显示，底部的按钮将会输出当前的坐标或 者关闭窗口。

Clusterings>Show:这个工具用来显示集群构象的交互式直方图。 Clusterings>Recluster:根据新的容差对对接的构象重新聚类。有数个可以用于重新聚类的标准值可在对话框中选 用。这个结果可用 Clusterings>Show 来分析。 Clusterings>ReclusterOnSubset:只是用一组选定的原子重新集群对接的构象。这个选项可以使用 PMV 菜单中的 【【微信】】‖工具来执行。

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附录Ⅰ：AutoDock 文件格式

PDBQT 格式的坐标文件

扩展名：.pdbqt

DATOM 口口] 口%-4s%1s%-3s 口%1sM%1s 口口口%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f%4s%6.3f 口%2s \ \原子序号，原子名称，可变构象位点指示符，残基名称，链编号，残基序列号，插入残基的编号，x 坐标，y 坐标，z 坐标，位置因子，温度因子，脚注编号，局部电荷，原子类型 （D口‖符号用于表示一个空格。）

相对于标准的 PDB 文件来说， PDBQT 文件中添加了四个项目：

1) 在每个 ATOM 和 【【微信】】 记录的温度因子字段之后（第 67-76 列）添加了原子的局部电荷的字段。

2) 在每个 ATOM 和 【【微信】】 记录的局部电荷字段之后（第 78-79 列）添加了用于描述原子类型的字段（一个

或两个字母）。

3) 为了允许配体柔性，指定可旋转的键是有必要的。AutoDock 可以处理的可旋转键的数目最多为 MAX_TORS

（该参数已经被定义在Dautodock.h‖文件中），默认值为 32。如果该值发生了改变，就必须对 AutoDock 进行重新 编译。请注意，AutoDock4.2 目前对扭转自由度为约为 10（即 10 个可旋转的键）的系统非常有效，但对于那些具 有更大柔性的系统可能多次对接的结果并不一样。在 PDBQT 文件中定义的扭转，使用以下的关键词：

ROOT / ENDROOT BRANCH / ENDBRANCH

这里使用了树作为喻体。以下面的图解为例： Droot（根）‖被定义为配体的中心部分， 从它上面长出了可旋转 的Dbranches（分枝）‖。而在分枝上又可能长出新的分枝。这些嵌套的可旋转键将按照从D叶子‖到D根‖的顺序依 次进行旋转。 对于这些 PDBQT 关键词的放置是需要慎重的，另外，为了使得各原子处于正确的分枝，有时候甚 至需要对 ATOM 和 【【微信】】 记录中的原子进行重新排序。AutoDockTools 就是为了帮助用户正确的放置这些关 键词而开发的，它同时还可以帮助我们对配体 PDBQT 文件中的 ATOM 和 【【微信】】 记录进行重新排序。

4) 在构象熵的计算中会使用到总旋转自由度，它是通过使用 TORSDOF 关键词后加可旋转键的整数数目来指定

的。在目前 AutoDock 4.2 的力场中，这是配体中可旋转键的总数，包括像氢氧根以及其它基团中只有氢原子 能移动的旋转键，但不包括那些在环上的键。（对于环的柔性的计算请参考附录Ⅱ）

注意：AutoDockTools，AutoGrid 和 AutoDock 并不识别 PDB 文件中的 Dconnect‖记录，所以他们也不会把这 个记录输出到 PDBQT 等文件中。

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PDBQT 文件示例

【【微信】】s:

REMARK status: ('A' for Active; 'I' 【【微信】】) REMARK 1

A between atoms: N_1 and CA_5

REMARK 2 A betwee atoms CA_5 and REMARK 3 A betwee atoms CA_5 and REMARK 4 A betwee atoms CB_6 and ROOT ATOM 1 CA PHE A 1 25.412 19.595 12.578 1.00 12.96ENDROOT BRANCH 1 ATOM 2 2 N PHE A 1 25.225 18.394 13.381

1.00 13.04 ATOM 3 HN PHE A 1 25.856 17.643 13.100 1.00 0.00 ATOM 14.337 1.00 0.00 ATOM 4 HN PHE A 1 25.558 18.517 5 HN PHE A 1 24.247 18.105 13.350

1.00 0.00

ENDBRANC 1 2 BRANCH 1 ATOM 6 6 CB PHE A 1 26.873 20.027 12.625 1.00 12.45 BRANCH 6 ATOM 7 7 CG PHE A 1 27.286 20.629 13.923

1.00 12.96

ATOM 8 CD PHE A 1 27.470 22.001 14.050 1.00 12.47 ATOM 9 CE PHE A 1 27.877 22.571 15.265 1.00 13.98 ATOM 1 0 CZ PHE A 1 28.108 21.754 16.360 1.00 13.84 ATOM 1 1 CE PHE A 1 27.919 20.380 16.242 1.00 13.77 ATOM 1 2 CD PHE A 1 27.525 19.821 15.027

1.00 11.32

ENDBRANC ENDBRANC BRANCH 6 7 1 1 6 ATOM 13 13 C PHE A 1 25.015 19.417 11.141 1.00 13.31TOM 14 O2 PHE A 1 24.659 20.534

10.507 1.00 12.12

ENDBRANCH 1 13

TORSDOF 4

8

9

15

6 7

10

13

12

11

14

1

2

5

4

3

0.287

-0.065 0.275 0.275 0.275

0.082 -0.056 0.007 0.001 0.000 0.001 0.007

0.204 -0.646

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用于表示柔性受体侧链的 PDBQT 文件格式

受体的柔性侧链在 AutoDock 的模拟过程中会进行明确的处理。 AutoDock 需要一个单独的 PDBQT 文件来存放那 些被处理为柔性的侧链原子坐标。每一个残基的原子坐标和分枝关键词被放在 BEGIN_RES 和 END_RES 记录之 间。而那个把柔性侧链连接到蛋白质骨架上的原子（在模拟的过程中位置是固定的）将被视作D根‖。那些在柔性侧 链 PDBQT 文件中包含的原子必须从记录刚性受体部分的 PDB Q T 文件中移 去 。 例如，在下面的例子中， 苯丙氨酸残基的 α 碳原子被用作柔性侧链的根。它将被包含在柔性侧链 PDBQT 文件中，而在刚性蛋白 PDBQT 文 件中将被略去。

柔性侧链文件示例（具有两个柔性氨基酸残基）

BEGIN_RES PHE A 53 REMARK 2 acti【【微信】】:

REMARK status: ('A' for Active; 'I' 【【微信】】)

REMARK 1 A between CA and CB REMARK 2 A between CB and CG ROOT ATOM 1 CA PHE A 53 25.41 19.595 12.578 ENDROOT

BRANCH 1 2 ATOM 2 CB PHE A 53 26.87 20.027 12.625 BRANCH 2 3 ATOM 3 CG PHE A 53 27.28 20.629 13.923 ATOM 4 CD1 PHE A 53 27.52 19.821 15.027 ATOM 5 CE1 PHE A 53 27.91 20.380 16.242 ATOM 6 CZ PHE A 53 28.10 21.754 16.360 ATOM 7 CE2 PHE A 53 27.87 22.571 15.265 ATOM 8 CD2 PHE A 53 27.47 22.001 14.050 ENDBRANCH 2

3 ENDBRANCH 1 2 END_RES PHE A 53 BEGIN_RES IL E A 54

REMARK

2 acti【【微信】】: REMARK status: for 'I' 【【微信】】) 【【微信】】 CB REMARK 4 A between CB and CG1 ROOT ATOM 9 CA ILE A 54 24.457 20.591 9.052 ENDROOT BRANCH 9 10 ATOM 10 CB ILE A 54 22.958 20.662 8.641 ATOM 11 CG2 ILE A 54 22.250 19.367 9.046BRANCH 10 12 ATOM 12 CG1 ILE A 54 22.266 21.867 9.298ATOM 13 CD1 ILE A 54 20.931 22.246 8.670ENDBRANCH10 12 ENDBRANCH 9 10 END_RES ILE A 54

1.00 12.96 1.00 12.45 1.00 12.96 1.00 11.32 1.00 13.77 1.00 13.84 1.00 13.98 1.00 12.47 1.00 12.30 1.00 11.82 1.00 12.63 1.00 13.03 1.00 14.42 0.180 C 0.073 C -0.056 A 0.007 A 0.001 A 0.000 A 0.001 A 0.007 A

0.180 C 0.013 C 0.012 C 0.002 C 0.005 C 26

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原标题：Autodesk In【【微信】】16中文破解版安装包下载及图文安装教程

Autodesk Invento，是一款专业的三维可视化实体模拟软件，为3D机械设计、仿真、工具创建和设计交流提供了专业级工程解决方案，有了它，你可以全身心地投入到产品设计作业中，不需要编写任何复杂的程序代码，就能方便地设置产品配置器，使设计产品更加高效。另外，本软件具有专业和强大的 CAD产品设计功能，灵活的建模方法，使您可以在工作时验证设计的形式，从而最大限度地减少使用物理原型测试设计的需求，也支持 CATIA、 NX、 CREO、 Solidworks和 Alias等五大数据源的关联更新设计，从而方便数据共享和同事间设计理念的沟通，主要用于各类二维机械制图、三维制图设计和开发。

软件下载：

https://docs.qq.com/sheet/【【微信】】?tab=BB08J8

安装过程断开网络、关闭杀毒、防火墙。

安装教程

1、下载文件你会得到3个安装程序，运行其中一个就可以了

2、点击后选择解压目录，目录不要带有中文字符

3、解压完毕后自动弹出安装界面，点击“安装”

4、选择我接受用户协议，点击下一步

5、输入序列号666-69696969或667-98989898, 400-45454545或066-66666666 密钥：208H1 / Professional：797H1

6、选择安装功能以及安装目录，点击下一步开始安装

7、软件会自动检测并安装相关软件，等待安装完成即可

8、安装完毕后，断开计算机的网络连接，运行桌面Autodesk In【【微信】】16快捷方式，点击“激活”。

9、选择Autodesk提供的激活码

9、打开Autodesk 2016注册机，点击补丁

10、将申请号复制到注册机请求码内，点击生成

11、将生成的激活码复制到软件的激活码内，点击下一步完成激活。

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责任编辑：

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Autodesk SketchBook Pro 自然画图2021 64位中文直装版 附安装教程

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Autodesk SketchBook Pro 2021是一款易于使用的自然画图软件，经常被艺术家用于绘画和插图，是专门为与平板电脑或数码笔手写板配合使用而设计，适用于设计，迭代，图像合成和图形创作。软件具有独特且友好的用户界面，拥有快速直观的工作流程，提供了丰富的绘画工具，包括纹理画笔、对称工具、填充工具等，可帮助你轻松完成绘画，且仿制手绘效果逼真；还能够用手指移动标尺，用手写笔绘制线条，可尽情发挥您的创造力而不会迷失在菜单之中。另外软件笔刷工具分为铅笔，毛笔，马克笔，制图笔，水彩笔，油画笔，喷枪等，绘图引擎可以处理100mpx的画布，同时能够维持传统绘图放大视觉感受，还可以使用X，Y，XY和多达16个扇区的径向对称图形进行绘制，以实现完美对称的设计，绝对是绘画设计爱好者的最佳选择。

软件获取：【【网址】】/?id=sdw【【微信】】76548946043416

功能特征

1、移动透视指南1点，2点和3点透视导向器，具有按扣切换，消失点锁定和水平线可见性。2、弯尺在标尺工具中找到，使用“弯曲标尺”绘制曲线和扫掠。3、自然的绘画经验在Windows，Mac，iOS和Android上使用简约界面。4、无限刷调整140多种标准画笔，创建新画笔或导入由专业画家设计的画笔。5、自然的处理图层使用混合模式和图层分组添加无限的图层。6、四个对称尺寸使用X，Y，XY和多达16个扇区的径向对称图形进行绘制，以实现完美对称的设计。

安装教程

1.打开下载好的软件安装包，2019-2021都有，然后鼠标右击【SketchBook2019】压缩包选择【解压到SketchBook2019】。

下载地址：【【网址】】/789564/adobe.html?Epad

2.压缩包解压中请等待。

3.打开解压好的【SketchBook2019】文件夹。

4.鼠标右击【SketchBook_for_Enterprise_2019_ML_Win_64bit】，选择【以管理员身份运行】。

5.点击【更改】设置软件的解压路径，建议解压到除C盘之外的其它磁盘，可以在E盘或者其它盘新建一个【SketchBook2019】文件夹，然后点击【确定】。

温馨提示：此操作是解压安装包，解压路径下【文件夹名称】不能有中文。

6.解压中请等待。

7.点击【安装】。

8.选择【我接受】，然后点击【下一步】。

9.点击【浏览】设置软件的安装路径，建议安装在除C盘之外的其它磁盘，可以在E盘或其它磁盘新建一个【SketchBook2019】文件夹，然后点击【安装】。

10.软件安装中请等待。

11.点击【确定】。

12.安装好后点击【立即启动】。

13.点击【输入序列号】。

14.点击【激活】。

15.输入序列号：【666-69696969】，产品密钥：【871K1】，输入好后点击【下一步】。

16.选择【我具有Autodesk提供的激活码】。

17.打开安装包解压后的【SketchBook2019】文件夹，鼠标右击【xf-adsk2019_x64】注册机，选择【以管理员身份运行】。

18.注册机打开界面如下图所示。

19.使用Ctrl+C键复制申请号，然后使用Ctrl+V键粘贴到注册机里面的【Request】中（记得删除原请求码中的内容），然后点击注册机左下角的【Patch】。

20.点击【确定】。

21.点击【Generate】。

22.全部选中Activation中生成的激活码（仔细检查是否复制完整），使用Ctrl+C键或者鼠标右击复制生成的激活码，然后粘贴激活码至我具有Autodesk提供的激活码方框中，最后点击下一步。

23.显示已成功激活，点击【完成】。

24.安装完成，软件打开界面如下图所示。